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Extrait :
Extrait de l'introduction d'André Tartar :
Au cours des deux dernières décennies, la recherche en biologie a connu une mutation sans précédent qui s'est souvent traduite par l'adoption de techniques massivement parallèles, qu'il s'agisse du séquençage de génomes entiers, de l'utilisation des puces à ADN ou de la chimie combinatoire. Ces approches, qui ont en commun de multiplier les essais et erreurs pour en extraire quelques événements significatifs n'ont été rendues possibles que grâce aux progrès de l'informatique de la miniaturisation et de la robotique.
L'un des premiers secteurs à mettre cette approche en pratique a été celui de la recherche pharmaceutique avec l'utilisation systématique du criblage à haut débit pour la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux candidats médicaments. La recherche académique est restée longtemps à l'écart de cette démarche, tant pour des raisons de coûts que pour des motifs culturels. Depuis quelques années cependant, la banalisation de ces techniques a eu pour conséquence d'en diminuer considérablement le coût d'accès et de permettre ainsi à des groupes académiques de les mettre en oeuvre dans des projets ayant des objectifs généralement plus cognitifs.
Il n'en demeure pas moins capital, comme avec toute méthode extensive de prendre en compte le facteur coût comme une donnée fondamentale dans l'élaboration d'un protocole expérimental et de le mettre en rapport avec le bénéfice attendu. La valeur d'une chimiothèque est en effet une notion évolutive résultant de la somme de deux grandeurs qui évoluent en sens inverse :
► D'une part l'ensemble des échantillons physiques dont la valeur ira fatalement en décroissant du fait de leur consommation dans les tests, mais surtout de la dégradation des composés. L'expérience des dernières années montre également qu'elle subira les phénomènes de mode qui contribueront rapidement à son obsolescence : nul n'assemblerait aujourd'hui une chimiothèque comme il l'aurait fait il y a seulement cinq ans. Au vertige des grands nombres qui a régné sur les premières chimiothèques combinatoires s'est progressivement substituée une série de critères plus réalistes, témoignant les difficultés rencontrées. La "drugabilité" est ainsi devenue un mot clé avec la règle des 5 de LIPINSKI, les "fréquent hitters" sont devenus la bête noire des cribleurs après leur avoir fait entrevoir tant d'espoirs non fondés.
► A l'opposé, la masse des informations accumulées au cours des différents tests de criblage ira en croissant et remplacera progressivement la chimiothèque physique. A une échéance plus ou moins lointaine, la chimiothèque physique aura disparu et seules resteront les informations qu'elle aura permis d'accumuler. Ces informations pouvant être utilisées soit directement, constituant la "fiche signalétique" d'un composé donné, soit comme source de références pour les exercices de criblage virtuel ou de prédiction in silico des propriétés de composés nouveaux.
Une analyse stratégique très simple montre qu'avec les moyens limités dont disposent les équipes académiques, il est plus facile d'être compétitif sur le second point (quantité et qualité de l'information) que sur le premier (nombre de composés et hauts débits). Elle montre également que la valeur d'une somme d'informations isolées est bien moindre que celle d'une matrice de données organisée de manière cohérente selon deux dimensions principales : la diversité des composés et la cohérence des tests biologiques.
Présentation de l'éditeur :
Au cours des deux dernières décennies, la recherche en biologie a connu une mutation sans précédent qui s'est souvent traduite par l'adoption de techniques massivement parallèles, qu'il s'agisse du séquençage de génomes entiers, de l'utilisation des puces à ADN ou de la chimie combinatoire. Ces approches, qui ont en commun de multiplier les essais et erreurs pour en extraire quelques événements significatifs n'ont été rendues possibles que grâce aux progrès de l'informatique de la miniaturisation et de la robotique.
L'un des premiers secteurs à mettre cette approche en pratique a été celui de la recherche pharmaceutique avec l'utilisation systématique du criblage à haut débit pour la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux candidats médicaments. La recherche académique est restée longtemps à l'écart de cette démarche, tant pour des raisons de coûts que pour des motifs culturels. Depuis quelques années cependant, la banalisation de ces techniques a eu pour conséquence d'en diminuer considérablement le coût d'accès et de permettre ainsi à des groupes académiques de les mettre en oeuvre dans des projets ayant des objectifs généralement plus cognitifs.
Il n'en demeure pas moins capital, comme avec toute méthode extensive de prendre en compte le facteur coût comme une donnée fondamentale dans l'élaboration d'un protocole expérimental et de le mettre en rapport avec le bénéfice attendu. La valeur d'une chimiothèque est en effet une notion évolutive résultant de la somme de deux grandeurs qui évoluent en sens inverse :
► D'une part l'ensemble des échantillons physiques dont la valeur ira fatalement en décroissant du fait de leur consommation dans les tests, mais surtout de la dégradation des composés. L'expérience des dernières années montre également qu'elle subira les phénomènes de mode qui contribueront rapidement à son obsolescence : nul n'assemblerait aujourd'hui une chimiothèque comme il l'aurait fait il y a seulement cinq ans. Au vertige des grands nombres qui a régné sur les premières chimiothèques combinatoires s'est progressivement substituée une série de critères plus réalistes, témoignant les difficultés rencontrées. La "drugabilité" est ainsi devenue un mot clé avec la règle des 5 de LIPINSKI, les "fréquent hitters" sont devenus la bête noire des cribleurs après leur avoir fait entrevoir tant d'espoirs non fondés.
► A l'opposé, la masse des informations accumulées au cours des différents tests de criblage ira en croissant et remplacera progressivement la chimiothèque physique. A une échéance plus ou moins lointaine, la chimiothèque physique aura disparu et seules resteront les informations qu'elle aura permis d'accumuler. Ces informations pouvant être utilisées soit directement, constituant la "fiche signalétique" d'un composé donné, soit comme source de références pour les exercices de criblage virtuel ou de prédiction in silico des propriétés de composés nouveaux.
Une analyse stratégique très simple montre qu'avec les moyens limités dont disposent les équipes académiques, il est plus facile d'être compétitif sur le second point (quantité et qualité de l'information) que sur le premier (nombre de composés et hauts débits). Elle montre également que la valeur d'une somme d'informations isolées est bien moindre que celle d'une matrice de données organisée de manière cohérente selon deux dimensions principales : la diversité des composés et la cohérence des tests biologiques.
La recherche en biologie et en chimie connaît une mutation sans précédent qui se traduit par l'adoption de techniques massivement parallèles et automatisées, dans des domaines tels que le séquençage de génomes, l'utilisation des puces à ADN et la chimie combinatoire. Il est possible de générer et stocker de quelques dizaines de milliers à plusieurs millions de petites molécules nouvelles par de nouvelles stratégies de synthèse chimique. Le criblage robotisé de petites molécules est une des technologies qui révolutionne actuellement la biologie, d'abord développée pour la recherche pharmaceutique et récemment mise en œuvre pour la recherche académique. Le criblage, qu'il soit à haut débit ou à haut contenu d'information, permet ainsi d'identifier parmi des collections de molécules (ou chimiothèques) des composés bioactifs agissant sur une protéine, une cellule, un organisme ou toute autre cible biologique d'intérêt. Ces composés peuvent être des candidats médicaments, des molécules valorisables pour certaines applications biotechnologiques, biomédicales ou agronomiques, ou encore des outils pour la recherche. Manipulant de très grands nombres d'informations biologiques (issues de la post-génomique), chimiques et expérimentales, le criblage ne peut s'envisager sans un traitement mathématique et informatique.
Chemogénomique présente les méthodes et concepts qui constituent le socle de cette discipline naissante à l'usage de biologistes, chimistes, informaticiens et pharmaciens. Des définitions partagées entre plusieurs disciplines sont ainsi proposées. L'ouvrage est structuré en chapitres courts pour faciliter son utilisation. Dans le même but, il contient de nombreuses illustrations, exemples pratiques et un glossaire-index. Cet ouvrage est destiné à un public large de biologistes, chimistes, pharmaciens, informaticiens. Il concerne les chercheurs, universitaires, ingénieurs impliqués dans les essais biologiques, le criblage et les chimiothèques. Les étudiants trouveront là un manuel de référence accessible dès les premières années (L, BTS, IUT) et au-delà.
Chemogénomique présente les méthodes et concepts qui constituent le socle de cette discipline naissante à l'usage de biologistes, chimistes, informaticiens et pharmaciens. Des définitions partagées entre plusieurs disciplines sont ainsi proposées. L'ouvrage est structuré en chapitres courts pour faciliter son utilisation. Dans le même but, il contient de nombreuses illustrations, exemples pratiques et un glossaire-index. Cet ouvrage est destiné à un public large de biologistes, chimistes, pharmaciens, informaticiens. Il concerne les chercheurs, universitaires, ingénieurs impliqués dans les essais biologiques, le criblage et les chimiothèques. Les étudiants trouveront là un manuel de référence accessible dès les premières années (L, BTS, IUT) et au-delà.
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- ÉditeurEDP SCIENCES
- Date d'édition2007
- ISBN 10 2759800059
- ISBN 13 9782759800056
- ReliureBroché
- Nombre de pages257
(Aucun exemplaire disponible)
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