Ce livre est conçu pour être une étude pratique sur la dynamique des maladies infectieuses. Il offre une mise en œuvre et une analyse faciles à suivre de l'épidémiologie mathématique. Il se concentre sur des études de cas récentes afin d'explorer diverses questions conceptuelles, mathématiques et statistiques. La dynamique des maladies infectieuses montre une grande diversité de motifs. Certains ont des chaînes de transmission localement persistantes, d'autres persistent spatialement dans les métapopulations des ressources consommateurs. Certaines infections sont répandues chez les jeunes, certaines chez les personnes âgées et d'autres sont invariantes de l'âge. Temporellement, certaines maladies ont peu de variation dans la prévalence, certaines ont des changements saisonniers prévisibles et d'autres présentent des épidémies violentes qui peuvent être régulières ou irrégulières dans leur timing.
Les modèles et les « modèles avec données » se sont avérés précieux pour comprendre et prédire cette diversité, et contribuent ainsi à améliorer l'intervention et le contrôle. En utilisant des modèles mathématiques pour comprendre les maladies infectieuses, la dynamique a une très riche histoire en épidémiologie. Le domaine a vu de larges expansions de théories ainsi qu'une augmentation de l'application réelle des mathématiques à la dynamique et au contrôle des maladies infectieuses. Les chapitres Epidémies : Modèles et données utilisant R ont été organisés comme suit : les chapitres 1 à 10 sont un mélange de modèles, de données et de statistiques relatives à la dynamique locale des maladies ; les chapitres 11 à 13 concernent la dynamique spatiale et spatio-temporelle ; le chapitre 14 met en évidence les similitudes entre la dynamique des maladies infectieuses et parasitoïde-hôte dynamique; Enfin, les chapitres 15 et 16 présentent une méthodologie statistique supplémentaire utile dans les études de la dynamique des maladies infectieuses.
Ce livre peut être utilisé comme guide pour travailler avec des données, des modèles et des « modèles et données » pour comprendre les épidémies et la dynamique des maladies infectieuses dans l'espace et le temps. Tous les codes et les ensembles de données sont distribués dans le paquet Epimdr2 R pour faciliter la philosophie pratique du texte
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