Advancing Development of Synthetic Gene Regulators : With the Power of High-Throughput Sequencing in Chemical Biology
Langue : anglais
Edité par Springer Nature Singapore, 2017
- Livre relié
- Neuf
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Druck auf Anfrage Neuware - Printed after ordering - This book focuses on an 'outside the box' notion by utilizing the powerful applications of next-generation sequencing (NGS) technologies in the interface of chemistry and biology. In personalized medicine, developing small molecules targeting a specific genomic sequence is an attractive goal. N-methylpyrrole (P)-N-methylimidazole (I) polyamides (PIPs) are a class of small molecule that can bind to the DNA minor groove. First, a cost-effective NGS (ion torrent platform)-based Bind-n-Seq was developed to identify the binding specificity of PIP conjugates in a randomized DNA library. Their biological influences rely primarily on selective DNA binding affinity, so it is important to analyze their genome-wide binding preferences. However, it is demanding to enrich specifically the small-molecule-bound DNA without chemical cross-linking or covalent binding in chromatinized genomes. Herein is described a method that was developed using high-throughput sequencing to map the differential binding sites and relative enriched regions of non-cross-linked SAHA-PIPs throughout the complex human genome. SAHA-PIPs binding motifs were identified and the genome-level mapping of SAHA-PIPs-enriched regions provided evidence for the differential activation of the gene network. A method using high-throughput sequencing to map the binding sites and relative enriched regions of alkylating PIP throughout the human genome was also developed. The genome-level mapping of alkylating the PIP-enriched region and the binding sites on the human genome identifies significant genomic targets of breast cancer. It is anticipated that this pioneering low-cost, high through-put investigation at the sequence-specific level will be helpful in understanding the binding specificity of various DNA-binding small molecules, which in turn will be beneficial for the development of small-molecule-based drugs targeting a genome-level sequence.…
N° de réf. du vendeur 9789811065460
- Titre
- Advancing Development of Synthetic Gene Regulators : With the Power of High-Throughput Sequencing in Chemical Biology
- Auteur
- Anandhakumar Chandran
- Éditeur
- Springer Nature Singapore
- Année de publication
- 2017
- État de l'article
- Neu
- Reliure
- Buch
- Langue
- anglais
- ISBN à 10 chiffres
- 9811065462
- ISBN à 13 chiffres
- 9789811065460
- Poids de l'article
- 356 grammes
- Dimensions
- 244x159x17 mm
- Série
- Livre 343 sur 797: Springer Theses
Reviews multitasking applications of next-generation sequencing (NGS) technologies for chemical biologists
Describes low-cost Bind-n-Seq and small molecules based genomic pull-down development, identification of high-affinity binding sites for PIP conjugates using high-throughput sequencing, and the binding motif-guided redesign of PIPs
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