R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning
Langue : anglais
Edité par Packt Publishing, 2023
- Livre broché
- Occasion
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- Titre
- R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning
- Auteur
- Maclean, Dan
- Éditeur
- Packt Publishing
- Année de publication
- 2023
- État de l'article
- As New
- Reliure
- Couverture souple
- Langue
- anglais
- ISBN à 10 chiffres
- 1837634270
- ISBN à 13 chiffres
- 9781837634279
- Édition
- 2ème Édition
Discover over 80 recipes for modeling and handling real-life biological data using modern libraries from the R ecosystem
Key Features
- Apply modern R packages to process biological data using real-world examples
- Represent biological data with advanced visualizations and workflows suitable for research and publications
- Solve real-world bioinformatics problems such as transcriptomics, genomics, and phylogenetics
- Purchase of the print or Kindle book includes a free PDF eBook
Book Description
The updated second edition of R Bioinformatics Cookbook takes a recipe-based approach to show you how to conduct practical research and analysis in computational biology with R. You’ll learn how to create a useful and modular R working environment, along with loading, cleaning, and analyzing data using the most up-to-date Bioconductor, ggplot2, and tidyverse tools.
This book will walk you through the Bioconductor tools necessary for you to understand and carry out protocols in RNA-seq and ChIP-seq, phylogenetics, genomics, gene search, gene annotation, statistical analysis, and sequence analysis. As you advance, you'll find out how to use Quarto to create data-rich reports, presentations, and websites, as well as get a clear understanding of how machine learning techniques can be applied in the bioinformatics domain. The concluding chapters will help you develop proficiency in key skills, such as gene annotation analysis and functional programming in purrr and base R. Finally, you'll discover how to use the latest AI tools, including ChatGPT, to generate, edit, and understand R code and draft workflows for complex analyses.
By the end of this book, you'll have gained a solid understanding of the skills and techniques needed to become a bioinformatics specialist and efficiently work with large and complex bioinformatics datasets.
What you will learn
- Set up a working environment for bioinformatics analysis with R
- Import, clean, and organize bioinformatics data using tidyr
- Create publication-quality plots, reports, and presentations using ggplot2 and Quarto
- Analyze RNA-seq, ChIP-seq, genomics, and next-generation genetics with Bioconductor
- Search for genes and proteins by performing phylogenetics and gene annotation
- Apply ML techniques to bioinformatics data using mlr3
- Streamline programmatic work using iterators and functional tools in the base R and purrr packages
- Use ChatGPT to create, annotate, and debug code and workflows
Who This Book Is For
This book is for bioinformaticians, data analysts, researchers, and R developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems by learning via a recipe-based approach. Working knowledge of the R programming language and basic knowledge of bioinformatics are prerequisites.
Table of Contents
- Setting Up Your R Bioinformatics Working Environment
- Loading, Tidying, and Cleaning Data in the tidyverse
- ggplot2 and Extensions for Publication Quality Plots
- Using Quarto to Make Data-Rich Reports, Presentations, and Websites
- Easily Performing Statistical Tests Using Linear Models
- Performing Quantitative RNA-seq
- Finding Genetic Variants with HTS Data
- Searching Gene and Protein Sequences for Domains and Motifs
- Phylogenetic Analysis and Visualization
- Analyzing Gene Annotations
- Machine Learning with mlr3
- Functional Programming in puRRR and base R
- Turbo-Charging Development in R with ChatGPT
« Synopsis » peut appartenir à une autre édition de cet ouvrage.
À propos de l’auteur
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Droit de rétractation
Si vous êtes un consommateur, vous pouvez exercer votre droit de rétractation sur le contrat conformément à ce qui suit. Le mot « consommateur » désigne toute personne physique agissant à des fins qui n'entrent pas dans le cadre de son activité commerciale, artisanale ou professionnelle.
Informations concernant le droit de rétractation
Droit statutaire de rétractation
Vous avez le droit d'exercer votre droit de rétractation sur ce contrat dans les 14 jours sans donner de raison.
Le délai de rétractation expirera au bout de 14 jours à compter du jour où vous-même, ou un tiers autre que le transporteur et désigné par vous, prendrez physiquement possession de la dernière marchandise, du dernier lot ou de la dernière pièce.
Pour exercer votre droit de rétractation, remplissez électroniquement et envoyez une déclaration claire sur notre site Web, sous « Vos achats » dans « Votre compte ». Nous vous communiquerons sans délai un accusé de réception de cette rétractation sur un support durable (par exemple, par e-mail).
Pour respecter le délai de rétractation, il vous suffit d'envoyer votre message concernant l'exercice de votre droit de rétractation avant l'expiration du délai de rétractation.
Effets de la rétractation
Si vous exercez votre droit de rétractation sur ce contrat, nous vous rembourserons tous les paiements que vous avez effectués, y compris les frais de livraison (à l'exception des frais supplémentaires résultant du choix d'un mode de livraison autre que le type de livraison standard le moins cher que nous proposons).
Nous pouvons déduire du remboursement la perte de valeur de toute marchandise livrée, si la perte est le résultat d'une manipulation inutile de votre part.
Nous effectuerons le remboursement dans les meilleurs délais, et au plus tard 14 jours après le jour où nous aurons été informés de votre décision d'exercer votre droit de rétractation sur ce contrat.
Nous effectuerons le remboursement en utilisant le même moyen de paiement que celui que vous avez utilisé pour la transaction initiale, sauf si vous en avez expressément convenu autrement ; en tout état de cause, aucuns frais ne vous seront facturés à la suite d'un tel remboursement.
Nous pouvons suspendre le remboursement jusqu'à ce que nous ayons reçu les marchandises ou que vous ayez fourni la preuve que vous avez renvoyé les marchandises, en fonction de la première éventualité.
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Exceptions au droit de rétractation
Le droit de rétractation ne s'applique pas à ce qui suit :
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- Fourniture d'un contenu numérique qui n'est pas fourni sur un support matériel (par exemple, sur un CD ou un DVD) si vous avez accepté, lors de votre commande, que nous puissions commencer à le livrer et que vous ne puissiez pas exercer votre droit de rétractation une fois la livraison commencée.
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