Patterns and algorithms in high-throughput sequencing count data

Langue : anglais

Edité par Scholars' Press Jan 2017, 2017

3659846228 / 9783659846229

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This item is printed on demand - it takes 3-4 days longer - Neuware -Proteins interacting with the genome, such as histones and transcription factors, play a major role in the regulation of gene expression. Experimental techniques such as ChIP-seq provide a new type of digital sequences that quantify the presence of a protein along the genome. These are count signals: sequences as long as the genetic code, but with the natural numbers as an alphabet. The computational analysis of these sequences is challenging, as the biological patterns are complex and the datasets are large. This thesis presents 3 efficient algorithms for pattern detection problems in count signals. The first infers the genomic locations of positioned nucleosomes by using an appropriate wavelet and by integrating measurements from multiple ChIP-seq experiments. The second characterizes the regulatory processes acting on the chromatin and is based on an accurate probabilistic model for read counts. The third detects transcription factor binding sites from ChIP-exo data by simultaneously modelling the sequence and the read counts associated to a binding event. Overall, the thesis presents a general computational framework that is likely to be important for future challenges. 140 pp. Englisch.…

N° de réf. du vendeur 9783659846229

Titre
Patterns and algorithms in high-throughput sequencing count data
Auteur
Alessandro Mammana
Éditeur
Scholars' Press Jan 2017
Année de publication
2017
État de l'article
Neu
Reliure
Taschenbuch
Langue
anglais
ISBN à 10 chiffres
3659846228
ISBN à 13 chiffres
9783659846229
Poids de l'article
227 grammes
Dimensions
220x150x9 mm

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