RNA Modifications: Methods and Protocols
Langue : anglais
Edité par HUMANA PR Jun 2021, 2021
- Livre relié
- Neuf

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This item is printed on demand - it takes 3-4 days longer - Neuware -This detailed book describes some of the most recent advances and up-to-date methodologies to detect, quantify, analyze, and elucidate the biological function of different types of RNA modifications. Importantly, the methodologies and tools described herein can be applied to a wide variety of organisms and can be used to address biological and clinical questions. Beginning with a section on bioinformatics tools, the collection continues with sections on detecting RNA modifications using Nanopore direct RNA sequencing, next-generation sequencing approaches, qPCR- and molecular biology-based methods, mass spectrometry- and NMR-based methods, as well as approaches to assess kinetics, determinants, and functions of RNA modifications. Written for the highly successful Methods in Molecular Biology series style, chapters include introduction to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.Authoritative and practical, RNA Modifications: Methods and Protocols serves as an ideal guide for those working directly in the fields of epitranscriptomics and post-transcriptional gene regulation, as well as for scientists and clinicians interested in bioinformatic tools to study RNA modifications and techniques to dissect their roles in physiology and disease.Chapter 20 is available open access under a CC BY 4.0 license. 427 pp. Englisch. …
N° de réf. du vendeur 9781071613733
- Titre
- RNA Modifications: Methods and Protocols
- Auteur
- Mary Mcmahon
- Éditeur
- HUMANA PR Jun 2021
- Année de publication
- 2021
- État de l'article
- Neu
- Reliure
- Buch
- Langue
- anglais
- ISBN à 10 chiffres
- 1071613731
- ISBN à 13 chiffres
- 9781071613733
- Poids de l'article
- 960 grammes
- Dimensions
- 258x180x28 mm
Part I: Bioinformatic Tools to Study RNA Modifications
1. RNA Post-Transcriptional Modification Mapping Data Analysis Using RNA Framework
Ilaria Manfredonia and Danny Incarnato
2. An Informatics Pipeline for Profiling and Annotating RNA Modifications
Qi Liu, Xiaoqiang Lang, and Richard I. GregoryPart II: Detecting RNA Modifications Using Nanopore Direct RNA Sequencing
3. EpiNano: Detection of m6A RNA Modifications Using Oxford Nanopore Direct RNA Sequencing
Huanle Liu, Oguzhan Begik, and Eva Maria Novoa
4. Adaptation of Human Ribosomal RNA for Nanopore Sequencing of Canonical and Modified Nucleotides
Miten Jain, Hugh E. Olsen, Mark Akeson, and Robin Abu-Shumays
Part III: Next-Generation Sequencing Approaches to Detect and Capture Modified RNAs
5. AlkAniline-Seq: A Highly Sensitive and Specific Method for Simultaneous Mapping of 7-Methyl-Guanosine (m7G) and 3-Methyl-Cytidine (m3C) in RNAs by High-Throughput Sequencing
Virginie Marchand, Lilia Ayadi, Valérie Bourguignon-Igel, Mark Helm, and Yuri Motorin
6. Transcriptome-Wide Detection of Internal N7-Methylguanosine
Li-Sheng Zhang, Chang Liu, and Chuan He
7. miCLIP-MaPseq Identifies Substrates of Radical SAM RNA Methylating Enzyme Using Mechanistic Crosslinking and Mismatch Profiling
Vanja Stojkovic, David E. Weinberg, and Danica Galonic Fujimori
8. Mapping RNA Modifications Using Photo-Crosslinking-Assisted Modification Sequencing
Bryan R. Cullen and Kevin Tsai
9. Quantitative and Single Nucleotide Resolution Profiling of RNA 5-Methylcytosine
Jun Li, Xingyu Wu, Trung Do, Vy Nguyen, Jing Zhao, Pei Qin Ng, Alice Burgess, Rakesh David, and Iain Searle
10. A Small RNA-Seq Protocol with Less Bias and Improved Capture of 2'-O-Methyl RNAs
Erwin L. van Dijk and Claude Thermes
Part IV: Assessing RNA Modifications Using qPCR- and Molecular Biology-Based Methods
11. Assessing 2'-O-Methylation of mRNA Using Quantitative PCR
Brittany A. Elliott and Christopher L. Holley
12. Relative Quantification of Residue Specific m6A RNA Methylation Using m6A-RT-QPCR
Ane Olazagoitia-Garmendia and Ainara Castellanos-Rubio
13. Monitoring the 5-Methoxycarbonylmethyl-2-Thiouridine (mcm5s2U) Modification Utilizing the Gamma-Toxin Endonuclease
Jenna M. Lentini and Dragony Fu
14. Analysis of Queuosine tRNA Modifications Using APB Northern Blot Assays
Cansu Cirzi and
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